Οταν μαζεύτηκαν 50.000 περίπου άτομα, αλαλάζοντος όχλου, μπήκε σε εφαρμογή η επόμενη φάση του σχεδίου: Καταστροφή όλων των ελληνικών περιουσιών και βεβήλωση όλων των Ιερών και Όσίων του Ελληνισμού της Πόλης. Οι οδηγίες πού είχαν δοθεί ήταν να μη μείνει τίποτα όρθιο.
Ακολούθησαν ώρες πραγματικής κόλασης. Ενα μέρος του όχλου κινήθηκε στο Istiklal Caddesi, το περίφημο Πέρα, πού στο ένα χιλιόμετρο της διαδρομής του είχε, σαν το πιο φημισμένο εμπορικό κέντρο της Πόλης, 700 περίπου μαγαζιά πού το συντριπτικό τους ποσοστό άνηκε σε Ελληνες.
Χρυσαφικά μεγάλης αξίας λεηλατήθηκαν μέσα σ’ ελάχιστα λεπτά απ’ τους συμπλεκόμενους μεταξύ τους διαδηλωτές. Οταν ο όχλος έφθασε στην Αγία Τριάδα, ακούστηκαν οι κραυγές «Ανάθεμα στους άπιστους!» και ο όχλος εισέβαλε στην εκκλησία. Ο,τι κινητό υπήρχε στον ναό καταστράφηκε ή βεβηλώθηκε. Εικόνες, άγια σκεύη, ράσα ήταν ο στόχος του μανιασμένου όχλου.
Το Πέρα μέσα σε λίγες ώρες άρχισε να αλλάζη όψη. Ό δρόμος αποκτούσε ένα περίεργο υπόστρωμα, πού ήταν ένα μίγμα απ’ τα πράγματα πού καταστρεφόταν: μηχανήματα, γούνες, ρολόγια, παπούτσια, λάδια, τυριά, υφάσματα, πιατικά, ρούχα, διάφορα άλλα είδη τροφίμων και ένδυσης, ανακατεμένα, κάτω απ’ το βάρος του όχλου πού κινιόταν συνεχώς, δημιούργησαν σιγά-σιγά μια υπερυψωμένη μάζα λασπώδη καί λιγδερή.
Στό μεταξύ το σχέδιο της καταστροφής όλων των ελληνικών περιουσιών της Πόλης βρισκόταν σε πλήρη εξέλιξη: Εκατό ομάδες εκτελούσαν το φρικιαστικό τους έργο σε μια τεράστια έκταση απ’ τον Βόσπορο ως τη θάλασσα του Μαρμαρά. Οι επί κεφαλής των διαδηλωτών με καταλόγους σπιτιών και καταστημάτων των Ελλήνων, διεύθυναν τις ομάδες του όχλου.
Ηταν ένας οργανωμένος τυφώνας πού σάρωνε τα πάντα στο πέρασμα του. Δεκάδες Ελληνες πολίτες και κληρικοί κακοποιήθηκαν. Λεηλατήθηκαν ή παραδόθηκαν στις φλόγες 73 ελληνικές εκκλησίες. Καταστράφηκαν εικόνες, αγιογραφίες και σκεύη ανεκτίμητης ιστορικής και αρχαιολογικής άξιας. Καταστράφηκαν ολοσχερώς και τα 26 Ελληνικά σχολεία. Ή Πατριαρχική Σχολή του Φαναριού πού ιδρύθηκε το 1453 και ή Θεολογική Σχολή της Χάλκης υπέστησαν το μένος του όχλου με ιδιαίτερη βαρβαρότητα. Το Ζάππειο Λύκειο δέχτηκε την επιδρομή του όχλου που κατρακύλησε απ’ τις μεγάλες μαρμάρινες σκάλες το άγαλμα του ευεργέτου του Σχολείου Κωνσταντίνου Ζάππα και, κατέστρεψε όχι μόνο θρανία, πιάνο, αίθουσα τελετών αλλά έκανε και τεράστια ζημιά στις τοιχογραφίες πού κοσμούσαν το εσωτερικό του σχολείου. 4.340 ελληνικά καταστήματα λεηλατήθηκαν και καταστράφηκαν. 2.600 σπίτια Ελλήνων βρέθηκαν στο μάτι του κυκλώνα και παραδόθηκαν στο μένος καί την πρωτοφανή λύσσα του όχλου. Ρημάχτηκαν κυριολεκτικά καί καταστράφηκαν τα γραφεία και τα πιεστήρια των τριών μεγάλων ελληνικών εφημερίδων της Κωνσταντινούπολης.
Στό Ελληνικό νεκροταφείο του Σισλί μία ομάδα τυφλωμένων απ’ το μίσος διαδηλωτών επί δύο ολόκληρες ώρες κατέστρεφε τάφους καί σταυρούς, έσκαβε τους πιο πρόσφατους καί έβγαζε έξω τα πτώματα μαχαιρώνοντας καί κομματιάζοντας τα.
Στήν Παναγία των Βλαχερνών, πού χτίστηκε πάνω στα θεμέλια Βυζαντινού ναού του 470 μ.Χ., ο όχλος των διαδηλωτών κατέστρεψε με απίστευτη μανία ό,τι οι Ελληνες κατάφεραν να διατηρήσουν για χίλια τετρακόσια ογδόντα πέντε χρόνια.
Στήν Ιερά Μονή της Ζωοδόχου Πηγής, γνωστή σαν Βαλουκλιώτισσα, οι αστυνομικοί καί ο νυχτοφύλακας πού υποτίθεται ότι τη φύλαγαν, καθοδήγησαν τον όχλο στην καταστροφή καί στη λεηλασία του ιστορικού Μοναστηρίου. Καί οι τρεις μοναχοί πού βρισκόταν τη νύχτα της 6ης Σεπτεμβρίου στο Μοναστήρι είτε θανατώθηκαν είτε βασανίστηκαν. Ό 90χρονος μοναχός Χρύσανθος Μαντάς βρήκε τραγικό θάνατο μέσα στις φλόγες της φωτιάς πού άναψαν για να τον κάψουν. Ό 6Οχρονος ηγούμενος, επίσκοπος Παμφιλίου Γεράσιμος, βασανίστηκε καί τραυματίστηκε βαρεία στο κεφάλι. Ό 35χρονος ιερέας Ευάγγελος χτυπήθηκε καί βασανίστηκε. Ό όχλος απαιτούσε τη σταύρωση του πού τελικά δεν έγινε, γιατί οι διαδηλωτές ήθελαν να απολαύσουν μία αργή καί σαδιστική σταύρωση, αλλά καθυστέρησαν πολύ, τους πρόλαβε ο Στρατιωτικός Νόμος πού κηρύχτηκε τα μεσάνυχτα καί φοβήθηκαν τις συνέπειες του.
Οί Πατριαρχικοί Τάφοι καί τα σκηνώματα των μεγάλων ευεργετών του Γένους πού από το 1850 καί μετά τοποθετούντο στον αυλόγυρο της Ιεράς Μονής, καταστράφηκαν με καννιβαλική μανία. Οι Πατριαρχικοί Τάφοι ανοίχτηκαν καί τα οστά των νεκρών σκορπίστηκαν στους δρόμους.
21 ελληνικά εργοστάσια καταστράφηκαν ολοκληρωτικά. Σέ όσα βρισκόταν στα παράλια του Βοσπόρου οι μηχανές καί τα εργαλεία πετάχτηκαν στη θάλασσα.
110 ελληνικά εστιατόρια καί ξενοδοχεία λεηλατήθηκαν, καταστράφηκαν ή παραδόθηκαν στις φλόγες. Καί τα 27 ελληνικά φαρμακεία λεηλατήθηκαν καί καταστράφηκαν.
Οι βιασμοί γυναικών, ανεξάρτητα απ’ την ηλικία τους, υπολογίζεται ότι ξεπέρασαν τους 200 τη νύχτα εκείνη, ενώ παρέμεινε άγνωστος ο τελικός αριθμός των νεκρών, πού ξεπέρασε τους 20, παρ’ όλο πού οι οδηγίες πού είχαν δοθεί απαγόρευαν τις δολοφονίες.
Το οργανωμένο σχέδιο της ολοκληρωτικής καταστροφής των περιουσιών των Ελλήνων της Κωνσταντινούπολης διήρκεσε 6 ώρες περίπου. Στίς 12 τα μεσάνυχτα καί, αφού οι τέλεια οργανωμένες ομάδες είχαν σχεδόν ολοκληρώσει το έργο τους, η Τουρκική Κυβέρνηση ευαρεστήθηκε να κηρύξει Στρατιωτικό Νόμο σε μια Πόλη παραδομένη στις φλόγες. Το σχέδιο τους σημείωσε καταπληκτική επιτυχία. Το σύνολο σχεδόν των ελληνικών περιουσιών καταστράφηκε. Ό ελληνικός πληθυσμός τρομοκρατήθηκε. Οί απειλές για τη ζωή όσων είχαν επιβιώσει ήταν διάχυτες στην ατμόσφαιρα. Ό στόχος τους λαβώθηκε θανάσιμα, Ό Ελληνισμός της Κωνσταντινούπολης δεν επρόκειτο να συνέλθει ποτέ από το χτύπημα της νύχτας αυτής. Σιγά-σιγά καραβάνια ολόκληρα από Ελληνες εγκατέλειπαν την Βασιλεύουσα για να εξασφαλίσουν τουλάχιστον τη ζωή τους.